معرفی دوره
شاید پرکاربردترین حوزه بیوانفورماتیک در بیوتکنولوژی و مهندسی ژنتیک مخصوصا در ایران، طراحی پرایمر باشد. آغاز مسیر اکثر پروژه های مهندسی ژنتیک که نیازمند انجام PCR میباشند، بدون شک وابسته به طراحی Primer است. در دانشگاه نیز بیشترین تمرکز واحد بیوانفورماتیک برای دانشجویان مرتبط، مباحث مرتبط با طراحی پرایمر هست. اما چرا؟
طراحی Primer یکی از حیاتی ترین اجزاء هر مطالعه وابسته به PCR به حساب میآید. اگر شما Primer خوبی طراحی نکنید، بدون شک آزمایش خوبی را نیز تجربه نخواهید کرد. همه چیز وابسته به یک طراحی پرایمر دقیق و اصولی است. حتی قسمت عمده ای از بهینه سازی های مسیر PCR، تحت تاثیر مسیر طراحی پرایمر میباشند. یادگیری این تکنیک کار سخت و دشواری نیست، اما نکات ریز و متعددی در این مسیر وجود دارند که اکثریت به آن ها بی توجه اند. عدم توجه به این نکات، منجر به Primer های غیر اختصاصی و همراه با ساختارهای ثانویه نامناسب خواهد شد. بنابراین، یک طراحی اصولی و دقیق، تضمین کننده موفقیت در بسیاری از پروژه های بیوتکنولوژی و بیولوژی مولکولی است.
در کنار پرایمر، بحث طراحی پروب نیز طی سالیان اخیر جذابیت زیادی بین محققین و پژوهشگران پیدا کرده است. امروزه بسیاری از کیت های تشخیصی موجود در بازار، پروب محور هستند و در انواع پروژه های تحقیقاتی نیز طراحی پروب یک رکن اساسی است. بنابراین، به عنوان کسی که قصد یادگیری طراحی پرایمر را دارید، مبحث طراحی پروب نیز موضوعی است که امروز باید به آن توجه ویژه ای داشت. در حقیقت اگر این دو مبحث در کنار هم آموزش داده شوند، دانش پذیر در صورت نیاز بهتر و با بازدهی بیشتری میتوانند اقدام به طراحی هریک نماید.
چرا طراحی پرایمر نقش تعیین کننده ای در آزمایش دارد؟
پرایمرها توالی های کوتاه نوکلئیک اسیدی (معمولا ۱۸ تا ۲۵ نوکلئوتید) هستند. این توالی های کوتاه به صورت اختصاصی به ناحیه ای از ژن مورد هدف در آزمایش PCR متصل شده و با نشانه گذاری آن ناحیه، آنزیم DNA پلی مراز قادر به شروع سنتز رشته جدید خواهد بود. اختصاصیت Primer موضوع بسیار مهمی است. اگر این توالی های کوتاه، به صورت اختصاصی به ناحیه تعیین شده متصل نشوند، علاوه بر رشته اصلی، محصولات غیر اختصاصی دیگری نیز حین PCR، تولید خواهند شد. پس می توان گفت اختصاصیت PCR برای اهداف گوناگون را پرایمرهای آن تعیین میکنند و بار اصلی در طراحی PCR، همان طراحی پرایمر است.
چرا دوره متخصص طراحی پرایمر و پروب دایا زیست فناوران؟
در این دوره جامع، تمامی نکات مرتبط با طراحی پرایمر از پایه ای ترین سطح آموزش داده خواهند شد. هدف این است که با گذراندن این دوره، در مسیر متخصص شدن پیرامون طراحی پرایمر گام بردارید. ویژگی مهم این دوره، طراحی پرایمر برای PCR های گوناگون است. در حقیقت شما تنها یک مدل طراحی پرایمر را آموزش نخواهید دید. بلکه برای کاربردهای گوناگون و PCR های مختلف پرایمر طراحی خواهید کرد. پروژه محور بودن این دوره و کار با مثال های واقعی، مسیر اصولی و بهینه شده ای از طراحی پرایمر را پیش روی شما قرار خواهد داد. همچنین مبحث طراحی پروب که موضوع مهمی در Real time PCR است، در این آموزش مورد بررسی قرار گرفته و شیوه طراحی آن ها را آموزش خواهید دید.
پیش نیاز دوره
- اطلاعات کافی پیرامون بیولوژی مولکولی
مخاطبین
کلیه ی دانشجویان، پژوهشگران و پرسنل آزمایشگاهی مرتبط با رشته های:
- زیست شناسی (تمامی گرایش ها)
- بیوتکنولوژی
- بیوشیمی
- ژنتیک
- هماتولوژی
- ایمونولوژی
- گروه میکروب شناسی (ویروس شناسی، باکتری شناسی، قارچ شناسی، انگل شناسی)
- علوم آزمایشگاهی
- داروسازی
- پزشکی
- دامپزشکی
- و تمامی علاقمندان به تکنیک های نوین آزمایشگاهی
درسنامه های این دوره از ۳۰ بهمن ۱۴۰۱ به صورت هفتگی در اسپات پلیر قرار داده خواهند شد.
اگر در هریک از شاخه های بیولوژی و یا علوم پایه پزشکی مشغول تحصیل و فعالیت هستید، بدون شک به طراحی پرایمر نیاز خواهید داشت. اکثر گرایش ها و رشته های علمی مرتبط، از PCR در پروژه های خود استفاده می کنند و تعداد کمی از این افراد قادر به طراحی یک پرایمر اصولی و اختصاصی هستند. بنابراین، با کمک این دوره و بدون هیچ گونه پیش نیازی پیرامون بیوانفورماتیک، قادر خواهید بود برای PCR های مختلف پرایمر طراحی کنید و خود را از سایر افراد و همچنین توالی های آماده پرایمر که اغلب بی کیفیت هستند، بی نیاز کنید.
بسیاری از افراد به دلیل نداشتن اطلاعات پیرامون طراحی پرایمر، توالی هایی که در مقالات چاپ شده اند را استفاده می کنند. توالی های پرایمر موجود در مقالات و منابع مختلف، در بسیاری موارد از کیفیت بالایی برخوردار نیستند و حتی ممکن است پژوهشگرانی که مقاله خود را به چاپ رسانده اند، توالی های اصلی پرایمرهای مورد استفاده در پروژه را در متن مقاله قرار نداده باشند. بنابراین، استفاده از این توالی ها ریسک بالایی دارد. علاوه بر این، در صورتی که به هر دلیل قصد داشته باشید از این توالی ها استفاده کنید، لازم است حتما کیفیت آن ها را مورد بررسی قرار دهید و این خود نیازمند دانش بیوانفورماتیکی پیرامون طراحی پرایمر است. بنابراین، بدون تسلط کافی نسبت به طراحی پرایمر، استفاده از هیچ توالی آماده ای منطقی نبوده و تنها ریسک شکست در پروژه را افزایش می دهد.
در این دوره، آموزش تنها با یک نرم افزار خاص نخواهد بود و به منظور آشنایی بیشتر دانش پذیران با انواع ابزارهای موجود، در بخش های مختلف دوره از نرم افزارهای متفاوت و بهینه شده ای برای طراحی پرایمر استفاده خواهد شد. هم ابزارهای تحت دسکتاپ و هم آنلاین در مسیر آموزش مورد بررسی قرار خواهند گرفت.
این دوره تمامی مباحث پایه ای بیوانفورماتیک مورد نیاز پیرامون طراحی پرایمر را پوشش می دهد. تنها پیش نیاز دوره داشتن اطلاعات تئوری کافی پیرامون مبحث بیولوژی مولکولی است. همچنین اگر قصد دارید بیوانفورماتیک مقدماتی را با جامعیت بیشتری آموزش ببینید، می توانید از این دوره استفاده کنید.
شما می توانید سوالات علمی و مشکلات احتمالی پیرامون مسائل فنی را از طریق تیکت ارسال نمایید.