وبلاگ
باکتری های مهندسی شده برای درمان سرطان
اگر تومور جامد (solid tumor) را تنها به صورت یک توده سلولی در حال تکثیر ببینیم، بخش مهمی از واقعیت زیستی آن را نادیده گرفته ایم. تومورهای جامد در عمل ساختارهایی بسیار پیچیده، ناهمگن و پویا هستند که از سلول های سرطانی، سلول های ایم …
Differentially Expressed Genes یا DEG چیست و چرا در تحلیل RNA-seq مهم است؟
برای درک عملکرد واقعی یک سلول، فقط دانستن توالی DNA کافی نیست، بلکه باید مشخص شود کدام ژن ها در آن سلول فعال هستند و با چه شدتی رونویسی می شوند (بررسی بیان ژنها). این بیان در همه سلول ها و در همه شرایط یکسان نیست. به همین دلیل اس …
آشنایی با مطالعات perturbation در بیولوژی و پزشکی
در علوم زیستی و پزشکی، یکی از دقیق ترین راه ها برای شناخت عملکرد سیستم های زنده این است که در آن ها یک تغییر کنترل شده ایجاد کنیم و سپس پاسخ سیستم را با دقت بررسی کنیم. این رویکرد که در بسیاری از شاخه های زیست شناسی مدرن جایگاه مه …
بررسی جامع نمودارهای مهم در آنالیزهای زیستی + اسکریپت R برای هرکدام
آشنایی با انواع نمودار یکی از پایههای مهم در انجام آنالیزهای زیستی است. در علوم زیستی، دادهها فقط عدد خالی نیستند؛ هر عدد نشاندهنده بیان یک ژن، غلظت یک پروتئین، تعداد سلول، میزان بقا، یا پاسخ یک موجود زنده به یک دارو باشد. اگر …
چگونه یک مقاله بیوانفورماتیکی بنویسیم؟ یک راهنمای جامع برای نگارش مقاله پروژه بیوانفورماتیکی
معمولا نوشتن یک مقاله برای بسیاری از دانشجویان یک فرآیند استرسزا است و آن را به عنوان یک چالش بزرگ در نظر میگیرند. بعضی اوقات اگر موضوع پروژه بیوانفورماتیکی، باشد، نگارش مقاله آن برای بسیاری از دانشجویان از خود تحلیل ها دشوارتر …
چطور بفهمیم یک مقاله بیوانفورماتیک قابل اعتماد است یا نه؟
مقالات بیوانفورماتیکی در این روزها، به شکل تصاعدی در حال انتشار هستند و یک دانشجو و پژوهشگر، باید از بین انبوهی مقاله، اقدام به شناسایی مناسبترین و قابل اعتمادترین آن کند تا با توجه به زمانی که دارد، بتواند به مطالعه پیرامون موضو …
چرا بعضی ژنها چندین نام مختلف دارند؟ بررسی جامع سیستمهای نامگذاری ژنها
در متون زیستشناسی مولکولی و ژنتیک، بسیار پیش میآید که یک ژن واحد با چند نام متفاوت معرفی شود. این موضوع برای بسیاری از دانشجویان، بهویژه در نخستین برخورد با مقالات تخصصی، سوالبرانگیز است؛ زیرا در نگاه اول ممکن است چنین به نظر …
آشنایی با co-expression
در زیست شناسی مولکولی، یکی از پرسش های اساسی این است که ژن ها در چه زمانی، در کدام بافت و تحت تاثیر چه شرایطی فعال یا غیرفعال می شوند. عملکرد سلول حاصل فعالیت یک ژن منفرد نیست، بلکه معمولا مجموعه ای از ژن ها به صورت هماهنگ در کنار …
مثبت و منفی کاذب چه هستند و چگونه میتوان از آنها جلوگیری کرد؟
در بسیاری از آزمایش های زیستی و پزشکی، یکی از اتفاقات رایج در نتایج، ایجاد False positives و False negatives است. اما این دو مفهوم دقیقا به چه معنا هستند و چرا در تفسیر نتایج تا این اندازه اهمیت دارند؟ در نگاه اول، ممکن است این د …
چرا داده های زیستی high-dimensional هستند و این چه مشکلی ایجاد می کند؟
در بسیاری از حوزه های زیست شناسی و علوم پزشکی، داده هایی تولید می شوند که در نگاه اول فقط بزرگ به نظر می رسند، اما مسئله اصلی آن ها صرفا زیاد بودن حجم داده نیست. چالش مهم تر این است که هر نمونه زیستی با تعداد بسیار زیادی ویژگی توص …
تفاوت correlation و causation در مطالعات بیولوژیکی
در بسیاری از پژوهش ها، دو متغیر به صورت همزمان تغییر می کنند و در نگاه اول این همراهی می تواند نشانه یک رابطه مهم زیستی به نظر برسد. برای مثال، ممکن است افزایش غلظت یک هورمون با تشدید یک پاسخ سلولی همراه باشد یا تغییر بیان یک ژن ب …
Annotation در ژنوم یعنی چه و چرا هنوز بسیاری از ژنها function ناشناخته دارند؟
در ژنومیک، بهدستآوردن توالی DNA پایان کار نیست، بلکه آغاز تفسیر زیستی آن است. وقتی ژنوم یک موجود زنده تعیین توالی میشود، پژوهشگر در مرحله اول فقط با رشتهای بلند از بازهای نوکلئوتیدی روبهرو است؛ رشتهای متشکل از A، T، C و G که …