چگونه با سیستمز بیولوژی رزومه خود را تقویت کنیم؟

بدون شک یکی از بزرگترین دغدغه های دانشجویان در مقاطع گوناگون به خصوص کارشناسی ارشد و دکتری، تقویت رزومه پژوهشی و کسب موقعیت های جذاب تحصیلی است. حال این موقعیت ها می توانند در مسیر اپلای و مهاجرت تحصیلی باشند، یا به منظور ارائه در مصاحبه دکتری. علاوه بر آن، داشتن رزومه قوی (به خصوص رزومه پژوهشی)، برای جذب در مراکز تحقیقاتی سطح بالا یک مزیت به حساب می آید. در سالیان اخیر پژوهش در تمامی حوزه های علوم زیستی همراه با چالش های بسیاری بوده است. در کنار تمامی مشکلات، هزینه بالای مواد اولیه و دسترسی سخت به محیط های آزمایشگاهی بیشترین آسیب را به فعالین این حوزه وارد کرده است. حال در این شرایط، به منظور تقویت رزومه چه راهکارهای جایگزینی وجود دارد؟ در این مقاله قصد داریم این موضوع را مورد بررسی قرار داده و به اهمیت سیستمز بیولوژی در تقویت رزومه بپردازیم.

هسته اصلی پژوهش

باید این موضوع را پذیرفت که پژوهش صرفا به انجام چند مرحله کار عملی و آزمایشگاهی محدود نمی شود. هسته اصلی پژوهش ایده و نحوه نگاه به یک مشکل و چالش موجود است. اقدامات لازم به منظور پاسخ به این نیاز و چالش، زمینه ساز یک مطالعه پژوهشی خواهند شد. سوالاتی که در ذهن پژوهشگر شکل گرفته اند با انجام اپراتور وارانه کارهای آزمایشگاهی پاسخ داده نخواهند شد. بنابراین باید توجه داشت که حتی بدون وجود یک فضای فیزیکی آزمایشگاهی و بودجه زیاد نیز می توان مطالعاتی را طراحی نمود و به پیشبرد علم کمک کرد. سیستمز بیولوژی یک انتخاب بسیار مناسب در این شرایط است.

مزایای پژوهش در سیستمز بیولوژی

همانطور که در این مقاله صحبت شد، با احتمال بسیار زیاد آینده علوم زیستی و پزشکی در دستان سیستمز بیولوژی است. مطالعات این حوزه قادرند درک و فهم ما نسبت به سلول ها در شرایط گوناگون و بیماری های مختلف را به طرز چشم گیری افزایش دهند. بیایید با یک مثال این بخش را پیش ببریم. یکی از مرسوم ترین و مورد پذیرش ترین رویکردها در مطالعات سیستم بیولوژی، رسیدن به بیومارکرهای گوناگون در سرطان است. یکی از چالش های اساسی حین مواجه با سرطان، وجود ژن های اختصاصی سرطان ها با منشاء های بافتی مختلف است. اگر بتوان ژن هایی را پیدا نمود که به صورت اختصاصی تنها در نوع خاصی از سرطان دیده شوند، قطعا تشخیص و درمان بازدهی بهتری خواهند داشت.

مزیت مهم سیستمز بیولوژی در اینجا قابلیت آغاز پروژه های گوناگون مبتنی بر داده های موجود در دیتابیس ها است. به طور مثال، در مورد شناسایی ژن های کلیدی در سرطان می توان از داده های خام میکرواری و RNAseq که در پایگاه های داده گوناگون وجود دارند، استفاده نمود. به هر حال، حوزه سیستم بیولوژی از قدرت نرم افزارها کمک می گیرد و این نرم افزارها نیازمند داده های عظیم در مورد بیماری مورد مطالعه اند. از آن جایی که رسیدن به دیتاهای مرتبط با سیستمز بیولوژی در آزمایشگاه هزینه بر است، وجود چنین دیتابیس هایی کار را برای محققین آسان کرده است. حال ایده مطالعاتی چه سرطان باشد، چه بیماری های دیگر، نکته مهم داشتن داده های خام اولیه برای شروع پروژه است. در صورت وجود چنین داده هایی در دیتابیس های مربوطه می توان اقدام به شروع چنین پروژه هایی نمود، آن هم بدون هیچ گونه هزینه آزمایشگاهی.

کار عملی نسبتا کم در مقایسه با سایر حوزه ها و تمرکز بر تفسیر و تحلیل نتایج از مزایای دیگر سیستمز بیولوژی است. در صورتی که شما نسبت به پروتکل های کاری در این حوزه تسلط کافی را به دست آورید، کار عملی دشواری به منظور شروع یک پروژه پژوهشی سیستم بیولوژیکی نخواهید داشت. برخلاف کارهای آزمایشگاهی و حتی بسیاری از حوزه های دیگر بیوانفورماتیک که همراه با آنالیزهای زمان بر می باشند، بخش های عملی در این حوزه سریع تر پیش می روند. در اینجا، تمرکز اصلی بر نوع نگاه به سوال مورد بررسی است. لذا با کسب مهارت و تخصص کافی در این حوزه، می توان پروژه های تحقیقاتی جذابی را بدون خستگی مراحل عملی یک پژوهش، به سرانجام رساند.

انعطاف پذیری سیستم بیولوژی و قابلیت تلفیق آن با سایر حوزه های پژوهشی، بسیار زیاد است. برخی از حوزه ها به علت ماهیتشان قادرند ارتباطات متعددی را با شاخه های دیگر علم و یا آنالیزهای پایین دست برقرار کنند. سیستمز بیولوژی شما را به یک نقطه نهایی یکسان محدود نخواهد کرد. با کسب تجربه و انجام پروژه های گوناگون، می توانید خلاقیت های گوناگونی را در کار خود دخیل کرده و در قبل، حین و یا ادامه پروژه، استراتژی های گوناگونی را پیش بگیرید. به طور مثال، در مورد بیوماکرهای سرطانی اینکه صرفا مطالعه در همین جا به اتمام برسد یا در ادامه وارد استراتژی های تشخیصی و یا درمانی شوید، به شما و هدف نهایی تان بستگی دارد.

از آن جایی که حوزه Systems Biology امروز مورد توجه بسیاری از مراکز آکادمیک و ژورنال های علمی معتبر است، شانس چاپ چنین مطالعاتی در مجلات خوب بسیار زیاد است. با طی کردن یک مسیر تحقیقاتی استاندارد و خلاقیت در زاویه دید به موضوع، می توان مقالات متعددی را در چنین مجلاتی به چاپ رساند. توجه داشته باشید که چاپ شدن مقاله شما در یک ژورنال معتبر علاوه بر ایده و موضوع انتخابی، به کیفیت نوشته و نحوه ارائه نتایج و تفسیرها نیز وابسته است. بنابراین، در صورتی که تمایل به چاپ کردن پژوهش خود در مجلات معتبر دارید، این موضوع را فراموش نکنید و مهارت های نگارشی خود را تقویت نمایید.

شانس دیده شدن مطالعات سیستمز بیولوژی مزیت مهم دیگر این حوزه است. افراد بسیاری به دنبال ورود به این حوزه و مطالعه مقالات مرتبط با آن هستند. در صورتی که مقالاتی در حوزه سیستمز بیولوژی داشته باشید، شانس دیده شدن پژوهش شما و دریافت Citation در بازه زمانی کوتاه تری نسبت به سایر حوزه ها امکان پذیر است. به هر حال، دریافت Citation برای پژوهشگران گوناگون موضوع با اهمیتی به شمار می آید و این یک مزیت برای این حوزه است.

تقویت رزومه با سیستمز بیولوژی

حال که مهم ترین مزایای سیستم بیولوژی را بررسی کردیم، وقت آن است به این سوال پاسخ دهیم که چگونه با کمک این حوزه، رزومه خود را تقویت کنیم؟ برای یادگیری Systems biology و ورود به مطالعات این حوزه لازم است به مفاهیم مربوطه و ابزارهای مورد استفاده در این شاخه علمی، تسلط پیدا کنید. شما می توانید هم به صورت خودآموز و با مطالعه کتب و مقالات گوناگون وارد این حوزه شوید و هم در دوره های آموزشی موجود شرکت کنید. پیشنهاد من به شما ورود به حوزه سیستمز بیولوژی با کمک یک دوره آموزشی با کیفیت و منسجم است. از آن جایی که بسیاری از مفاهیم این حوزه نیازمند ارتباط آن با سایر حوزه هاست، مسیر خودآموز می تواند به طور متوسط بین ۱ تا ۲ سال زمان ببرد. حال این عدد در بین افراد گوناگون متفاوت خواهد بود.

من در دایا زیست فناوران دوره جامع سیستمز بیولوژی را طراحی و ارائه نموده ام که از پایه تمام الزامات ورود به این حوزه مورد بررسی قرار گرفته اند. در یک مسیر تکاملی، تمامی مراحل و ابزارهای مورد استفاده را آموزش خواهید دید و مهم ترین نکات حین طراحی چنین پروژه هایی مورد بررسی قرار خواهند گرفت. رویکرد اصلی در این دوره انتقال دانش و تجربه مبتنی بر یک متدولوژی استاندارد انجام پروژه های سیستمز بیولوژیکی است و شما بعد از اتمام دوره قادرید به صورت مستقل ایده های خود را به مرحله اجرا برسانید. توصیه می کنم حتما پروفایل مربوط به این دوره جامع را با دقت مطالعه نمایید. پس از تسلط بر مفاهیم و ابزارهای مورد استفاده، لازم است نکاتی را به منظور طراحی یک پژوهش حرفه ای در این حوزه رعایت نمایید:

نکات مهم حین طراحی یک پژوهش سیستمز بیولوژی

در ادامه موارد زیر مورد بررسی قرار خواهند گرفت:

• انتخاب ایده
• شروع مطالعه اولیه
• مطالعه تخصصی
• طراحی پروژه و متدولوژی
• انجام صحیح پروژه
• مستندسازی دقیق نتایج
• توجه به کیفیت نمودارها و تصاویر
• توجه کافی به کیفیت مقاله و تفسیر نتایج

انتخاب ایده

در اولین قدم نیاز به انتخاب یک بیماری، سلول و یا شرایط به خصوص است. به هر حال بسته به علاقه و  چالشی که احساس می کنید، لازم است یک بیماری به خصوص مانند سرطان را انتخاب نمایید. البته که مطالعات سیستمیک صرفا محدود به بیماری های گوناگون نبوده و بسته به داده های موجود در حوزه های دیگری همچون میکروب ها و مهندسی آن ها نیز می توان از این علم استفاده کرد. پایه های شکل گیری حوزه جذاب سنتتیک بیولوژی نیز در اینجا ریشه دارد. توجه داشته باشید که انتخاب ایده، بیماری و یا سلولی که مورد هدف قرار می دهید، همراه با لمس یک چالش باشد. قطعا روح پژوهش وابسته به نیازی است که در پژوهشگر شکل گرفته است و بدون وجود چنین نیازی، پژوهش در هر حوزه ای صرفا انجام چند مرحله کار به شکل اپراتوری خواهد بود.

شروع مطالعه اولیه

در مرحله بعد لازم است که به مطالعه پیرامون موضوع انتخابی بپردازید. مثلا اگر سرطان خاصی را انتخاب نموده اید، سعی کنید پیرامون آن مطالعات عمیقی را انجام دهید تا به دیدگاه قابل توجهی پیرامون نحوه تشخیص، درمان و استراتژی های موجود برسید. پردازش ایده اولیه در این مرحله و به دنبال مطالعات گوناگون، موضوع مهمی است.

مطالعه تخصصی

بعد از پیدا کردن یک نگرش کلی نسبت به ایده ابتدایی خود و پردازش های اولیه، سعی کنید مطالعات مشابهی را پیدا کنید. این مطالعات باید از رویکرد سیستمز بیولوژیکی در حوزه های دیگری استفاده کرده باشد. به طور مثال، اگر قصد دارید بیومارکری را برای سرطان معده پیدا کنید، مطالعات مشابه در سرطان های دیگر مانند روده و یا کبد را پیدا و مطالعه کنید. در این مرحله لازم است مقالات شاهد به دقت آنالیز و مطالعه شوند. سعی کنید حین آنالیز، بیشتر به روش کار، نتایج و تفسیرهای ارائه شده توجه کنید تا صرفا مقدمه مقاله. بسیاری افراد در ابتدای راه از مطالعه روش کار و نتایج ترس دارند و تنها به خواندن مقدمه مقالات بسنده می کنند. در مورد مقالات اصیل، هدف اصلی رسیدن به دیتاهای مورد نیاز با آنالیز روش کار و نتایج به دست آمده است. در صورتی که در خواندن مقاله مهارت کافی ندارید و درگیر سردرگمی های متعددی می باشید، توصیه می کنم این لینک را مشاهده بفرمایید.

طراحی پروژه و متدولوژی

در ابتدا به منظور تسلط کافی بر ابزارهای موجود و مسیر کاری، بهتر است از متدولوژی استانداردی که در اکثر مقالات دیده می شود استفاده کنید. اما باید توجه داشت که همیشه لازم نیست چنین اتفاقی بیوفتد. در حقیقت اگر در تمامی پروژه ها از یک مسیر یکسان پیروی کنید، این موضوع می تواند جنبه منفی داشته باشد و به مرور جذابیت پژوهشی را برای شما کاهش دهد. رسیدن به متدولوژی های جدیدتر و ایده پردازی پیرامون انتخاب قدم و ابزار مورد استفاده، نیازمند آنالیز دقیق بخش روش کار مقالات شاهد است. سعی کنید از یک مرحله به بعد، خلاقیت را در مراحل عملیاتی پروژه های سیستمز بیولوژیکی لحاظ کنید تا شانس چاپ مقاله نهایی افزایش یابد. علاوه بر این، در انتخاب ابزارها وسواس به خرج دهید، زیرا الگوریتم های موجود در نرم افزارهای گوناگون اغلب متفاوت بوده و برخی از این نرم افزارها نسبت به سایرین معتبرتر می باشند. به منظور انتخاب بهترین ابزار، به میزان استفاده آن در مقالات شاهد و نیز تعداد Citation های دریافتی مقاله آن ابزار توجه کنید.

انجام صحیح پروژه

درست است که انجام پروژه های مرتبط با سیستم بیولوژی خیلی زمان بر نمی باشند، اما باید توجه داشت که کارهای نرم افزاری همراه با خطاهای بسیاری هستند. این خطا می تواند به دلیل مشغول بودن ذهن محقق و یا خستگی رخ دهد. سعی کنید حین انجام مراحل عملی، صبوری به خرج داده و حتما کنترل کیفی هریک از مراحل را با حوصله انجام دهید. پروژه های این چنینی به دلیل در دسترس بودن داده های خام اولیه به صورت عمومی، باید تکرار پذیر و تکثیر پذیر باشند. در صورتی که شخص دیگری به هر دلیل مسیر کاری شما را با داده های مورد استفاده تان طی کند و به نتیجه ای که شما رسیده اید نرسد، می تواند عواقبی را به همراه داشته باشد.

مستندسازی دقیق نتایج

یکی از مهم ترین موارد در انجام پروژه های نرم افزاری به خصوص سیستمز بیولوژی، مستندسازی دقیق مراحل کاری و نتایج حاصل است. به علت اینکه خروجی هریک از مراحل کار، داده های بسیار زیادی در قالب جداول و نمودارهای گوناگون می باشند، در صورت عدم توجه به این نکته می تواند تکرار ناخواسته پروژه را برای شما به همراه داشته باشد. در صورتی که به هر دلیل بین مراحل کار شما وقفه ای رخ دهد و مستندسازی دقیق پیرامون روش کار و نتایج به درستی انجام نشده باشد، به یاد آوردن جزئیات بعد از مراجعه مجدد به مسیر کاری پروژه امری دشوار خواهد بود.

توجه به کیفیت نمودارها و تصاویر

یکی از موارد مهم در مقاله، وجود جداول، نمودار و تصاویر جذاب است که دیده شدن مقاله را دو چندان می کند. در یک پروژه سیستمز بیولوژیکی، الزاما نیاز به ارائه تصاویری که خروجی نرم افزارها هستند، نمی باشد. بسیاری از این ابزارها داده های خام نمودارهای رسم شده را در اختیار شما قرار می دهند. شما می توانید با تقویت مهارت مصورسازی در خود، چه با کمک زبان R و چه ابزارهای دیگر نمودارهای جذاب تری را برای ارائه در مقاله خود آماده کنید.

توجه کافی به کیفیت مقاله و تفسیر نتایج

مقاله ویترین پژوهش انجام شده توسط شماست. در صورتی که این ویترین به خوبی طراحی و پیاده سازی نشود، جذابیتی برای مجله مورد هدف، داور و نیز مخاطبین نهایی نخواهد داشت. سعی کنید در نگارش مقاله تا حد ممکن وسواس به خرج دهید و خروجی کار، یک متن با کیفیت از لحاظ زبان انگلیسی و انسجام ساختاری باشد. نکته مهم در مقالات مرتبط با سیستم بیولوژی توجه کافی به تفسیر صحیح نتایج است. همانطور که اشاره شد، داده های تولیدی در این پروژه ها بسیار زیادند و افرادی که تازه وارد این مسیر شده اند، به علت عدم آگاهی مقاله خود را با تعداد زیادی شکل و جدول پر می کنند و توجهی به تفسیر نتایج ندارند. به عقیده من، در این مطالعات بار تفسیر صحیح نتایج و کشف ارتباطات بین نتایج گوناگون موضوع بسیار مهمی است. اگر مقالات چاپ شده مشابه در ژورنال های معتبر را بررسی کنید، این موضوع را به وضوح خواهید دید.

جمع بندی نهایی

با توجه به توضیحات ارائه شده، شما می توانید با آموزش صحیح وارد این حوزه شده و شروع به طراحی پروژه های گوناگونی نمایید. تقویت رزومه با کمک Systems biology در مدت زمان معقول و منطقی تری نسبت به سایر حوزه ها به خصوص کارهای آزمایشگاهی امکان پذیر است. بسیاری افراد به منظور تقویت رزومه خود از همان ابتدا و بدون داشتن هیچ بک گراند پژوهشی اقدام به نگارش مقالات ریویو می نمایند. در صورتی که این نگارش صرفا تمرینی برای تقویت مهارت نویسندگی علمی باشد مغایرتی احساس نخواهد شد، اما اگر بدون داشتن تجربه یک پژوهش اصیل، شروع به نگارش مقاله ریویو نموده اید، لازم است بدانید که این امر استاندارد و پسندیده نیست. به دلیل وجود چالش های بسیار زیاد کارهای آزمایشگاهی در حوزه های علوم زیستی و پزشکی (به خصوص هزینه های گزاف)، ورود به حوزه هایی مانند سیستمز بیولوژی و تسلط بر آن یک برگ برنده خواهد بود.